キラのフリーダム、フラガのストライク、ティアッカのバスター、３機のガン
ダムで地球連合軍のガンダム３機と交戦するが、そこに突如現れたアス
ラン搭乗のジャスティスガンダムの援護により、地球連合軍側は撤退する。
同じ頃、オノゴロ島では、地球連合軍が量産型MS「ストライクダガー」を出撃
させオーブ軍を窮地に追いやっていく。キラとアスランの活躍でなんとか連合
軍を退けるが、オーブ軍は壊滅的な打撃を受けていた。
オーブは、交戦の間に地球連合との和解交渉を試みるが、地球連合は頑な
にオーブの武装解除を要求したため、両者は和解することなく地球連合軍の
総攻撃がまた始まった。
そんな中でキラとアスランはお互いの気持ちを語りわだかまりを解いていく。
地球軍のフォビドゥン、カラミティー、レイダーの３機を含むMSがオノゴロ島の
上空を占領していく中、ウズミは、国民とアークエンジェルを脱出させ、自らは
オーブに残り最後まで徹底抗戦する事を決意する。
残されたオーブのマスドライバー「カグヤ」で、キラ達を宇宙に射出する準備を
していたが、また3機のガンダムがキラ達の前に立ちふさがった。
カガリはオーブからの脱出を拒み、ウズミと一緒に抗戦すると主張していたが、
「お前は一人ではない」と一枚の写真を渡され、オーブ軍艦「クサナギ」に乗艦
するよう促される。その写真には赤ん坊の頃のキラとカガリが写っていた。
破壊されたマスドライバー「カグヤ」を後に、アークエンジェルと共に宇宙に発艦
したクサナギを見届けると、残ったウズミはオノゴロ島とと共に爆発し最後を迎
えた。
軍艦クサナギは水を求めL4コロニー群へ進路をとっていた。
一方、ザフトのプラントでは、ラクスが逃亡の最中、密かに全市民に向け演説
による反戦活動を続け、影響力を恐れたザラ議長の攻撃にあいラクスの父は
死亡した。
地球連合軍は、ビクトリア基地を奪還しマスドライバーを手に入れていた。
アスランは、アークエンジェルでザフト最高評議会議長である父に会って真意を
確かめる為にプラントへ向かった。
アスランの護衛を志願したキラの申し出を固辞したアスランは、地球軍のシャト
ルでザフトのプラントに帰還した為、拘束されてしまう。拘束されながらも父との
対面を果たしたアスランは父にこの戦争の意義を問うた。
ザラは驚くべき戦争目的を話しだし、アスランは戦慄した。
アスランは、父から銃口を向けられ、ジャスティス、フリーダムの所在を問われ
るが答えず連行されようとしていたが、ダゴス率いるラクス派メンバーがアスラ
ンを救出する。
同じ頃、地球軍月面基地ではナタル・ジハール少佐率いる２番鑑ドミニオンが
アークエンジェル追撃の戦闘訓練をしていた。ドミニオンはレイダー、フォビ
ドゥン、カラミティの３機のMSを搭載し、L4コロニーに向かった。
その頃、コロニー「メンデル」には、アークエンジェル、クサナギ、エターナルの
３艦が並び今後を話し合っていた。ナタルは、アークエンジェルを見つけると、
ドミニオンから先制攻撃を仕掛けてきた。
３機のMSと戦艦ドミニオンから攻撃をうけるアークエンジェルであったが、キラと
アスランの連携により、ザフトMS軍団は徐々に押されていった。
ここで、ナタルはクサナギの参戦が可能になったことを知り、一時撤退の判断を下
した。この判断があり、アークエンジェルは危機を脱した。
そんな中、コロニーにザフト軍が侵入してきた事を知り、ムウとディアッカは応戦に向かう。
ムウはザフト軍の新型MSゲイツを駆るラウと対峙し激戦を繰り広げる。一方で、バスターを
駆るディアッカはデュエルに搭乗するイザークと対峙する。
相手が嘗ての仲間であるディアッカとしらず、バスターに猛攻撃を仕掛けるイザークに対し、
イザークに気がついたディアッカは攻撃せず懸命に攻撃をかわし続けるが、ついにイザーク
に声をかけ、両者はMSから降りて動きを止めた。
一方で、援護で出撃したフリーダムによってゲイツを破壊され脱出したラウ・クルーゼを追って
ムウとキラはある建物へ導かれる。
第４３話～第４８話（BOX4）ストーリー後半
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