ムウとの戦闘でゲイツを破棄し脱出したラウを追って、キラとムウがある建物
に導かれる。その建物はかっての遺伝子研究所だった。
緊迫して向かいあう３人。ラウは対峙するキラとムウに向かいお互いの因縁
に関する衝撃の真実を告げる。
キラは、ユーレン・ヒビキ博士による遺伝子操作で生まれた博士の息子であり、
同じくラウは、ムウの父親アル・ダ・フラガのクローンであると！
アークエンジェルとドミニオンの戦闘が再開すると、ラウはヴェサリウスを駆って
エターナルを攻撃する。ラウは戦闘の最中、ドミニオンとエターナルの双方に、
拘束中の捕虜フレイを地球軍に返還すると通告し戦闘の最中にフレイをのせた
ポッドを射出する。
ポッドに乗ったフレイは、「戦争を終わらせる鍵を持っている！」といい必死の
思いでアークエンジェルに助けを求めるが、ドミニオンに搭乗するアズラエルは
アークエンジェルから救助に向かうキラを阻止し、フレイはドミニオンに収容される。
フレイの持つ鍵はニュートロンジャマーキャンセラーの設計データであり、アズ
ラエルは狂気する。
結果、地球連合軍はプラント守備衛生「ボアズ」を核ミサイルで攻撃し、ボアズ
は消滅する。
更にプラント（ザフト本国）も核攻撃目標になるが、キラとアスランはガンダムで
ミサイルを叩き落とし阻止する。
核攻撃に対し怒りに燃えるザラは巨大ガンマ線超兵器「ジェネシス」で地球連
合軍に報復する。
地球連合軍は壊滅に近い状態になるが、ザフトは追撃の手を緩めない。
地球連合軍のドミニオンは一旦敗走するが、補給し体制を整え再びプラントに
向かう。
ドミニオンは核ミサイルを満載してザフトのプラントを攻撃しようとするが、その
前にジャネシスの第２射は地球連合軍の月基地を直撃し、月基地は壊滅した。
地球軍のアズラエルはナタル・バジルールにプラントへの核攻撃を命令するが、
ナタルは拒否し、フレイ以下のクルーに脱出を命じ、アークエンジェルに行くよう
促して、自分とアズラエルは艦内に残った。
アズラエルは、アークエンジェルに陽電子破城砲「ローエングリン」を発射した
が、ストライクガンダムが盾となり、代わりに爆散し残骸となり、搭乗していた
ムウは死亡した。
ムウ・フラガはストライクガンダムで出撃しクルーゼのプロヴィデンスと交戦し
機体に損傷を負ってアークエンジェルに帰投しようとした瞬間であった。
ラミアス館長は、ドミニオンに猛攻を掛け撃沈し、ムウの仇を取った。
ラクスは戦いを止めるべくザフトの説得を続ける。
キラとアスランは後方戦線へ戻ろうとする際にニュータイプ反応を感じアーク
エンジェルに引き返す。
アークエンジェルがドミニオンからの救命艇を回収しようとしている時に
クルーゼが現れ、駆けつけたキラとクルーゼの最後の戦いが始まった。
この時フレイの乗った救命艇がクルーゼの攻撃をうけ大破。フレイも死亡した。
瀕死のキラはクルーゼと１対１で交戦状態になった。
一方ザラは、ジェネシスを地球に向けて発射しようとし、反対する側近まで撃
ち殺す。アスランは、カガリと共にジェネシス破壊のためにザラに向けて攻撃
を開始するが、その時にザラは瀕死の側近に打たれて倒れる。
アスランは妻の復讐に狂った父ザラの死を看取った。
アスランとカガリは、自爆装置が作動している中、ジャスティスを自爆させて
ジェネシスを破壊しようとコントロールルームに突入する。
第36話～第43話（BOX4）ストーリー前半
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